是的，宝马X3 M50在4S店和综合汽贸店的落地价可能会有区别。这种差异主要源于以下几个因素：

1. 车辆价格

- 4S店：4S店通常以厂家指导价为基础销售车辆，价格相对固定。虽然偶尔会有厂家促销活动或店内优惠，但整体价格浮动较小。

- 综合汽贸店：汽贸店的价格灵活性更高，可能会通过与经销商或厂家的合作获得更低的进货价，并提供更大的优惠幅度。

2. 附加费用

- 4S店：4S店的附加费用（如保险、上牌费等）通常比较透明且统一，不会存在太多议价空间。

- 汽贸店：汽贸店可能会提供更灵活的附加服务报价，比如保险、上牌费甚至装饰礼包，这些费用可能比4S店便宜或昂贵，具体取决于谈判能力。

3. 优惠政策

- 4S店：厂家会定期推出促销活动，比如现金优惠、置换补贴、低息贷款等，但这些政策通常比较标准化，范围有限。

- 汽贸店：由于汽贸店的采购量更大，它们可能从厂家争取到更大力度的优惠，或者直接以低于市场价的价格销售车辆。

4. 服务内容

- 4S店：购车后可以享受厂家提供的质保、售后服务以及维修保养保障，服务质量和标准较高。

- 汽贸店：部分汽贸店可能无法提供完整的售后服务，或者需要客户自行选择第三方售后机构。此外，一些汽贸店可能会捆绑销售增值服务（如延保），增加额外成本。

5. 地区差异

- 不同地区的4S店和汽贸店可能会根据当地市场情况制定不同的价格策略。例如，在竞争激烈的市场中，汽贸店可能会提供更低的价格来吸引客户。

总结：

总体来看，4S店的落地价可能会稍高一些，但服务更有保障；而汽贸店则可能提供更具性价比的选择，但需要注意隐藏费用和服务质量的问题。因此，建议在购买前多对比几家4S店和汽贸店，同时明确所有费用明细后再做决定。